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桜の代表とされる「ソメイヨシノ」。このゲノム解析が行われ、さまざまなことが明らかとなった。

開花に関する解析は行われず

そもそも桜は、基本野生種であるエドヒガンやオオシマザクラ、ヤマザクラをもとに多くの品種が生み出されてきたという。

ソメイヨシノはエドヒガンとオオシマザクラの種間雑種とされ、世界中に植えられているが、これまでは開花に関する分子生物学的な解析は行われてこなかったそうだ。

その1つの原因として、ソメイヨシノはエドヒガン由来とオオシマザクラ由来の2 つのゲノムを持つためにゲノム構成が複雑であり、ゲノムや遺伝子の解析が容易ではないことが挙げられている。

そこで今回、かずさDNA研究所と島根大学、京都府立大学の研究者らによって、共同でゲノム解析が行われた。

遺伝子予測や連鎖地図を作成

研究ではまず、原木と推定されている上野恩賜公園に植栽されている樹木から許可を得て、ソメイヨシノの葉組織を採取。

そしてかずさDNA研究所において、この葉組織のゲノム解読を実施した。さらに島根大学が保有する139 品種の解析を行い、遺伝子予測や連鎖地図の作成を行ったという。

また、島根大学と京都府立大学が共同で、開花に関わる遺伝子の探索を実施したそうだ。

将来は正確な開花日予測が可能？

島根大学が保有する 139 品種の類縁関係を調査したところ、通説通り、ソメイヨシノはエドヒガンとオオシマザクラを祖先に持つ可能性を見出したという。

また、かずさDNA研究所がある千葉県木更津市鎌足地区に古くから伝わる鎌足桜は、ヤマザクラとオオシマザクラという2種の系統である可能性が高いことも判明する。

研究グループはまた、ソメイヨシノを構成するエドヒガンとオオシマザクラに対応する、それぞれ約3億5000万塩基対の2 つのゲノムを精度良く決定することに成功。さらにゲノム配列の中から、9万5076個の遺伝子を見出し、「ソメイヨシノの遺伝子地図」を作成した。

ソメイヨシノのゲノム構造は、近縁種であるオウトウ（サクランボ）、モモ、ウメと良く似ており、ソメイヨシノの2つの祖先種は 552 万年前に異種に別れたと推定されたという。そのためこの2 種が百数十年前に交雑によって再び一つになることで、ソメイヨシノが誕生したと考えられるそうだ。

今回の研究により、将来的にはソメイヨシノのゲノム配列を利用することで、ソメイヨシノの祖先を正確に特定できるようになるとみられている。

また、蕾（つぼみ）の遺伝子分析により、より正確に開花日を予測することができる可能性もあり、新品種の開発に役立てられることが期待されている。（了）

出典元：かずさDNA研究所・島根大学・京都府立大学（PDF）：サクラ（ソメイヨシノ）のゲノムを解読しました(3/13)